蛋白质相互作用是指两个或两个以上蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合物的过程。如复制、转录、翻译、细胞周期调控、物质代谢等。

常见的研究方法有：

酵母双杂交技术、免疫共沉淀、亲和层析、细胞内共定位分析。

以下是对免疫共沉淀技术（co-immunoprecipitation,co-IP）进行总结，co-IP常用来检测两种蛋白质在体内是否结合。

基本原理：

在保证两种蛋白质相互作用的条件下，收集并裂解细胞。在细胞裂解液中加入某一种已知蛋白的特异性抗体，孵育后再加入可与特异性抗体结合的蛋白A/G-琼脂糖珠（或磁珠）沉淀收获抗原抗体复合物，若细胞中存在与已知蛋白结合的目标蛋白，则可被磁珠沉淀下俩，形成“目标蛋白-已知蛋白-抗已知蛋白抗体-磁珠"复合物。经SDS-PAGE后，复合物可被分离，再经免疫印迹或质谱鉴定出目标蛋白。

优势：

① 得到的蛋白质相互作用是在细胞内天然形成的，反映的是细胞的生理状态；

② 可以分离得到天然状态的蛋白质复合物。

劣势：

① 可能检测不到低亲和力的瞬时蛋白质-蛋白质相互作用；

② 不能证明两种蛋白质的直接结合，其他分子可能起到桥梁作用；

③ 依赖于高质量的、可用于免疫沉淀的特异性抗体。

不同类型的免疫共沉淀技术

1、二次免疫共沉淀技术：用来检测细胞内三种蛋白质间的相互作用，若要证明X、Y、Z三种蛋白质间是否以复合物形式存在，首先在细胞裂解液中加入抗X蛋白质抗体，免疫沉淀获得抗原抗体复合物，经过非变性洗脱后，向此复合物溶液中加入抗蛋白质Y的抗体，再收集免疫复合物进行SDS-PAGE分析。

2、蛋白质降解抑制-免疫共沉淀：若两种蛋白质结合后，其中一种会降解，则会影响IP实验结果，故需要抑制细胞内蛋白质降解。

① 对于通过溶酶体途径降解的蛋白质，可以加入NH4Cl或氯喹改变细胞内酸性环境，抑制这类蛋白质降解。

② 对于通过泛素-蛋白酶体途径降解的蛋白质，可用MG132抑制，该试剂对细胞有毒性，故作用时间不能太久。

3、核质分离-免疫共沉淀：体内的许多蛋白质是在细胞质和细胞核之间穿梭的，研究时有时会出现时空问题。故先利用核质分离技术得到细胞核或细胞质完整的组分。

4、交联免疫共沉淀：能够使已经结合在一起的蛋白质更加稳定。避免结合能力弱或瞬时结合的蛋白质在实验过程中降解。