微生物是对药品原料、生产环境和成品造成污染的重要因素，也是造成生产失败、成品不合格、对人类造成危害的重要因素。所以分离得到的污染微生物，进行微生物鉴定，是十分必要的，也可为检验和生产提供有效的依据。

1、形态学特征

(1)细胞形态

    在显微镜下观察细胞外形大小、形状、排列等，细胞构造，革兰氏染色反应，能否运动、鞭毛着生部位和数目，有无芽孢和荚膜、芽孢的大小和位置，放线菌和真菌的繁殖器官的形状、构造，孢子的数目、形状、大小、颜色和表面特征等。

(2)群体形态

通常是指以下情况的特征：

1）在一定的固体培养基上生长的菌落特征：包括外形、大小、光泽、黏稠度、透明度、边缘、隆起情况、正反面颜色、质地、气味、是否分泌水溶性色素等。

2）在一定的斜面培养基上生长的菌苔特征：包括生长程度、形状、边缘、隆起、颜色等;在半固体培养基上经穿刺接种后的生长情况。

3）在液体培养基中生长情况：包括是否产生菌膜，均匀浑浊还是发生沉淀，有无气泡，培养基的颜色等。如是酵母菌，还要注意是成醭状、环状还是岛状。

2、生理生化反应特征

(1)利用物质的能力

包括对各种碳源利用的能力(能否以CO2为唯1碳源、各种糖类的利用情况等)、对各种氮源的利用能力(能否固氮、硝酸盐和铵盐利用情况等)、能源的要求(光能还是化能、氧化无机物还是氧化有机物等)、对生长因子的要求(是否需要生长因子以及需要什么生长因子等)。

(2)代谢产物的特殊性

这方面的鉴定项目非常多，如是否产生H2S、吲哚、CO2、醇、有机酸，能否还原硝酸盐，能否使牛奶凝固、冻化等。

(3)与温度和氧气的关系

测出适合某种微生物生长的温度范围以及它的zui适生长温度、zui低生长温度和zui高生长温度。对氧气的关系，看它是好氧、微量好氧、兼性好氧、耐氧还是专性厌氧。

3、生态学特征

    生态学特征主要包括它与其他生物之间的关系(是寄生还是共生，寄主范围以及致病的情况)。在自然界的分布情况(pH情况、水分程度等)、渗透压情况(是否耐高渗、是否有嗜盐性等)。

4、血清学反应

    很多细菌有十分相似的外表结构或有作用相同的酶(如乳酸杆菌属内各种细菌都有乳酸脱氢酶)。虽然它们的蛋白质分子结构各异，但在普通技术下(如电子显微镜或生化反应)，仍无法分辨它们。然而利用抗原与抗体的高度敏感特异性反应，就可用来鉴定相似的菌种，或对同种微生物分型。

    用已知菌种、型或菌株制成的抗血清，与待鉴定的对象是否发生特异性的血清学反应来鉴定未知菌种、型或菌株。该法常用于肠道菌、噬菌体和病毒的分类鉴定。利用此法，已将伤寒杆菌、肺炎链球菌等菌分成数十种菌型。

5、生活史

    生物的个体在一生的生长繁殖过程中，经过不同的发育阶段。这种过程对特定的生物来讲是重复循环的，常称为该种生物的生活周期或生活史。各种生物都有自己的生活史。在分类鉴定中，生活史有时也是一项指标，如黏细菌就是以它的生活史作为分类鉴定的依据。

6、对噬菌体的敏感性

    与血清学反应相似，各种噬菌体有其严格的宿主范围。利用这一特性，可以用某一已知的特异性噬菌体鉴定其相应的宿主，反之亦然。

7、细胞壁组分分析

    细胞壁组分分析先应用于放线菌分类中，把它作为区分“属"的依据之一。近年来，有人对18个属的放线菌的细胞壁进行了分析，根据细胞壁的氨基酸组成，将其分为6个细胞壁类型，又根据细胞壁的糖的组成分成4个糖类型，在此基础上，结合形态特征提出了相应的科属检索表。

8、红外光谱

    一般认为，每种物质的化学结构都有特定的红外光谱，若两个样品的吸收光谱wan全相同，可以初步认为它们是同一种物质。因此，红外光谱技术被应用到微生物的分类中。它先后对芽孢杆菌、乳酸菌、大肠杆菌、酵母菌进行分类，近年来又应用于放线菌分类中。

    根据有关学者的试验表明，这种方法简便快速，样品少，结果较好，不仅可以初步了解各属菌的细胞成分的化学性质，同时也有助于微生物间系统发育关系的探索。它也有不足之处，借助于红外线光谱区分属内的种和菌株是困难的，可以作为“属"的分类特征。